Руководит ГУП МО «Лабрадор» директор, назначенный Учредителем (Министерство имущественных отношений Московской области) и действует на основании Устава на принципах единоначалия.
Руководство Учебным центром ГУП МО «Лабрадор» осуществляет Руководитель Учебного центра.
Коллегиальным органом управления в Учебном центре ГУП МО «Лабрадор» является Педагогический совет.